顯微鏡為了使用時不那么容易出現故障我們就必須做好清潔工作，在顯微鏡主要的就是清潔了如果你能夠排除照明不均勻或光闌設置不正確等錯誤的顯微鏡設置，接下來便是檢查樣品。如果樣品沒問題，檢查樣品載玻片和蓋玻片，必要時予以清潔。如果你仍然無法查明質量降低的原因，而且所用的浸鏡油正確無誤，那么問題可能是顯微鏡本身存在污染物。
顯微鏡的一些組件，如濾色塊和內部光學元件，應由生產商的專家負責清潔，用戶切勿碰觸。其他容易變臟的組件可由用戶小心清潔，這些組件包括：
1)物鏡前透鏡
2)保護相機傳感器的玻璃罩，可能還有傳感器自身表面
3)聚光透鏡
4)目鏡透鏡
5)所有其他可以自由接觸的玻璃表面
首先，你應該準確找出污染物的準確位置。相機上的污垢容易辨認，因為旋轉或移動相機時，圖像中污垢的位置不改變。如果它的位置的確改變，那么污垢則位于其他部位。你也可以通過稍微轉動物鏡對其進行檢查。檢查顯微鏡的其他部件時，好是正確地觀察它們。若條件允許，例如檢查目鏡時，我們建議在明亮均勻的背景前手持透鏡進行觀察。如果污染物隨組件移動而移動，一般可以認為它位于該組件上。污染物種類繁多。松動或非性污垢包括灰塵、皮膚碎屑或載玻片、蓋玻片破碎時的玻璃碎片，等等。頑固污垢一般分為水溶性和溶劑可溶性類別。然而，在實踐中，它通常是兩者的混合物。
清潔顯微鏡的目的，當然是為了恢復的圖像品質。因此，需要清除光學元件上的所有雜質，當然，不能損壞這些元件。問題是，清除特定類型污染物的佳途徑是什么？一般情況下，首先，找出污垢并仔細檢查。如果是污染較重，應當先清除松動的污垢，接著清除水溶性污垢，后輪到只能用溶劑清除的污垢。如果顯微鏡光學元件上只有浮塵，好是用壓縮空氣將其清除。這種方法特別溫和，可防止光學元件損壞。一般而言，小風箱足以產生所需的氣流。
